El Manejo Integrado de Plagas (MIP), propone una serie de métodos y técnicas para el control racional y consciente de las plagas, partiendo del principio que éstas forman parte de un agroecosistema y siempre estarán presentes, la convivencia con ellas deber ser otro principio y su erradicación o combate con pesticidas químicos de síntesis, deberá ser la última instancia, pero siempre considerando el umbral económico de la plaga, esto es el nivel de daño o infestación, el cual al ser rebasado, basado en resultados del muestreo a nivel parcelario por diversos métodos aleatorios, obliga a aplicar algún pesticida químico permitido, ya que de no hacerlo, la plaga causará un daño económico muy superior al ahorro que pudiera darse por no aplicar, en caso contrario no aplicar ningún pesticida químico, ya que el rendimiento marginal nunca compensará el costo del producto y su aplicación, además de que contamina inútilmente.

Los hongos entomopatógenos como Bauveria bassiana y Metarhizum anisopleae, han demostrado ser muy benéficos para el control de plagas, en el ciclo Otoño invierno 1013’14 que recién se cosechó, algunos productores del Bajío aplicaron un litro de cada uno de ellos mezclados en 200 litros de agua por hectárea y lograron un magnifico control de pulgones de la espiga y del follaje, los hongos actúan sobre el cuerpo de los insectos necrosándolos y provocando su muerte en 5 días, lo cual evita aplicar productos químicos que aparte de ser caros, son muy contaminantes y además en el Bajío se sigue usando el Parathion metílico en polvo al 2% , que es un pesticida de la generación de los organofosforados, con alto efecto cancerígenos y prohibido a nivel mundial.